Với sự tham dự của 16 đội bóng, giải Futsal toàn quốc 2012 cũng có sự điều chỉnh trong phương thức thi đấu nhằm tăng tính cạnh tranh và sự hấp dẫn. Mười sáu đội bóng được chia thành 4 Bảng, thi đấu vòng tròn một lượt ở mỗi Bảng để tính điểm xếp hạng.

• Chọn tám đội xếp nhất, nhì của 4 Bảng vào thi đấu Vòng loại trực tiếp để xếp hạng từ 1 đến 8.
• Chọn tám đội xếp thứ ba và thứ tư của 4 Bảng vào thi đấu Vòng đấu loại trực tiếp để xếp hạng từ 9 đến 16.

Kết quả bốc thăm tại 4 bảng đấu như sau:

• Bảng A: Thái Sơn Bắc – Hà Nội, Kim Toàn FC – Đà Nẵng, Tân Hiệp Hưng – TP.HCM, Quý Lộc - Huế.
• Bảng B: VLT – Đà Nẵng, Đạt Vĩnh Tiến – TP.HCM, PVC – Hà Nội, Bệnh viện An Phước – Bình Thuận.
• Bảng C: Hoàng Duy Đà Nẵng, Thái Sơn Nam, Huyền Phát Gia Lai, Sanna Khánh Hòa.
• Bảng D: Hoàng Thư Đà Nẵng, Metasol, Hồng Lạc Lâm Đồng, Sanatech.[1][3]